按照微生物对能源物质和碳源物质的利用情况不同，可将其分为以下4种：光能自养型、光能异养型、化能自养型和化能异养型。

   1、光能自养型

      光能自养型微生物以光为能源，利用二氧化碳或碳酸盐作为碳源，以水或还原态无机物作为供氢体同化二氧化碳，常见的光能自养型微生物有藻类、蓝细菌和大多数光合细菌等。

  2、光能异养型

   光能异养型微生物以光为能源，利用简单有机物（如有机酸、醇等）为供氢体来同化二氧化碳。紫色非硫细菌，如红微菌属等即是这种营养类型。有机物在这里除用作氢或电子供体外，也可被直接同化利用。

  3、化能自养型

    化能自养型微生物的能量来自于还原态无机化合物氧化所产生的化学能，碳源是二氧化碳或碳酸盐，可在*是无机物的环境中生长。常见的化能自养型微生物包括硝化细菌、硫化细菌、铁细菌合氢细菌等。

  4、化能异养型

    化能异养型微生物以有机物为能源和碳源，氮源可以是无机的，也可以是有机的。这类微生物的种类和数量都很多，包括绝大多数细菌和放线菌、几乎全部的真菌和原生动物以及病毒等。